首先，作为民办教育财政资助制度实施的前提，各级政府需要积极开展对营利性和非营利性民办学校的分类管理试点，制定相应的管理监督和扶持制度，规范民办学校的办学行为，而公共财政对民办教育的扶持将以非营利性民办学校为主要对象，从而强化民办教育的公益性。
其次，在具体实施路径的选择方面，各地政府应依据本地社会经济的发展情况与不同阶段民办教育的特征，构建多种模式相结合、切实有效的民办教育财政资助制度。
1.直接资助与间接资助相结合模式
县级以上人民政府应逐步将民办教育发展问题纳入地方教育事业财政预算中来，根据本行政区域的具体情况设立专项资金，对民办学校教学和实验设施等办学条件的完善、师资队伍的培养提供资金补助。间接财政资助是政府通过向民办学校在校生提供奖助贷等经济资助方式，减轻学生学费负担，推动教育公平理念的实现。
2.竞争性资助和非竞争性资助相结合模式
竞争性资助是指在条件允许的状况之下，让公办学校与民办学校通过公平竞争，择优选择财政资助对象。例如在科研经费的分配中，可通过竞标方式，在公办学校与民办学校中选择符合标准的资助对象。这种模式不仅可以有效激励民办学校积极提升科研水平，也能提升财政经费的投资效益。而非竞争性经费则是针对某些特定的项目或地区的民办教育提供重点财政资助。例如对民工子弟学校、培养国家急需人才的民办学校、地处经济落后地区和农村地区的民办学校可提供专项财政资助。