（三）完善体制机制，为有效发挥市场作用奠定基础
在市场经济条件下，市场是推动区域经济发展的基本力量。但是，市场作用的发挥，不是无条件的，而是有前提的。市场是在一定的社会环境运行的，也是在一定的体制框架下运作的。在过去的若干年中，中国区域经济发展之所以出现一些比较突出的问题，就是因为体制机制不健全，使市场的作用发生了扭曲。在新的历史时期，要更加注重基础性制度的建设，为市场正确发挥作用奠定基础。
首先，要清晰界定各级政府在区域发展中的责任和权力，建立区域治理的新架构。中央政府负责协调全国各地的发展、援助遇到特殊问题的地区，拥有制定和监督执行相关法律法规、战略规划的权力。地方各级政府负责推动当地发展、协调自身内部发展，拥有制定和监督执行相关条例、规划、政策的权力。要规范垂直管理部门和地方政府的关系，在确保中央统一领导、政令畅通的前提下，强化地方政府的管理责任。