隆庆四年(1570年)，朱载垕开始关心北部边境防务，并十分注意加强军队的训练，以巩固边防。蒙古部落首领俺答汗的孙子名叫把汉那吉，当时因为家庭纠纷，一气之下投奔了明朝。后来，俺答汗率领蒙古兵到明朝边界要他们的人，时任宣府大同总督的王崇古坚守不出，因此双方也没有爆发大规模的战斗。随后，在内阁大学士高拱和张居正的策划与安排下，明朝派出一名使者与俺答汗进行谈判。最后终于达成协议，用把汉那吉交换曾经背叛明朝，投奔蒙古部十余年的汉奸赵全，事件才得以和平解决。
除此之外，朱载垕还有一个天大的优点，那就是“用人不疑，疑人不用”。但凡是他信任的大臣，他就会无所顾虑，放手让他们去发挥自己的才能。可以说，朱载垕在使明王朝向最后一个繁荣时期发展的过程中，起了重要的过渡作用。明朝与蒙古两百年来的互相征战，终于在朱载垕的治理下告一段落。从此以后，草原上的硝烟少了很多，两个民族之间几乎再也没有大规模的征伐事件发生了。