李自成进入北京后，在北京待了短短的40多天。大顺军为了筹集军饷，设置了“比饷镇抚司”，由大将刘宗敏主持。明朝的官吏一律按照品级高低定出缴纳的白银数量，大顺军逮捕了很多明朝高官，苦刑拷打，追缴他们在明政府时代贪污所得的赃款。这其中有一人是吴襄，他是山海关守将吴三桂的父亲。
李自成希望争取守卫山海关的大将吴三桂，命令他的父亲吴襄写信招引，并派降将唐通带了4万两白银前去劝降。但是，吴三桂因为父亲被拷打，特别是爱妾陈圆圆被抢走，勃然大怒，不惜勾结关外的清兵，与大顺军作对。
无奈，李自成亲自率领主力军6万攻打山海关，与吴三桂展开激战，正在不分胜败的关头，突然清军的铁骑猛烈袭来，李自成的部队霎时崩溃，只得撤回北京。
4月29日，李自成匆匆举行即位典礼，当了皇帝。第二天（30日），大顺军就撤出北京西归。7月，李自成回到西安。
次年（1645年），李自成迫于清军追击转入湖北，遇害于湖北通山县九宫山。清军在投降的明朝将领帮助下，很快地平定了各地的武力割据，张献忠也被杀死，明末的民变大风暴平息下去。