当微软公司和IBM公司最后签署了这项交易的协议时，微软公司要求IBM公司向它预先支付100万美元，其中40万美元是为MS-DOS操作系统而向微软公司支付的版权使用费；另外40万美元是为4种编程语言的汇编器（PASCAL、COBOL、FORTRAN、BASIC）付的报酬；还有20万美元是为在一年期限内为使系统能够在新机器上运行而支付的改编和编程的劳务费。作为交换，只要Microsoft BASIC还预装在机器的基本结构中，IBM可以有限地使用DOS而不必再付费用。这就为微软公司出售用于这款新机器的编程工具提供了捷径。这项交易实际上使这两家公司联合了起来。
最终比尔·盖茨取得了与IBM合作的机会，而且在许可权收益的问题占了上风。他不但保持了MS-DOS的所有权，可以获得许可权收益，而且他还可以将软件的源代码许可给其他方使用。由于得到了IBM公司的认可，MS-DOS操作系统很快就成为除苹果电脑以外所有微机的选择。IBM销售的机器越多，MS-DOS的影响就越大。
与IBM的这次合作，微软有了一个飞跃式的进步，正如比尔·盖茨所说：“我庆幸被IBM选中，这是我们的机会。否则，也许我们要在巨人的阴影下挣扎很长时间。”在与IBM的合作中取得巨大成功后，苹果公司又成了微软实现腾飞的一个阶石。
